深圳市足球俱乐部1994年1月26日成立，当年便以乙级联赛冠军身份打入甲B，随后在1995年的甲B联赛中又获得冠军并冲上甲A。

2004年，深圳队获得首届中超联赛冠军。2005年，深圳队晋级亚洲冠军联赛四强。2011赛季，深圳队从中超降入中甲。2018赛季，深圳队在西班牙籍教练卡罗的带领下重返中超。

2019赛季，深圳队再次在中超联赛降级，但随后球队又以递补身份参加了2020赛季中超联赛。2022赛季，深圳队在中超联赛保级成功。

在俱乐部历史上，深圳队共夺得中超、甲B、中乙联赛冠军各一次。